Skyss har ansvar for i alt 5 rutepakkar (kontraktar) knytt til snøggbåtrutar og lokalbåtrutar i Hordaland. Alle er anbodsutsett. Det er tre nettokontraktar som medfører at operatøren sjølv har inntektsansvaret og ansvar for ruteinformasjon, marknadsføring og billettsystem. I tillegg har Skyss to bruttokontraktar som medfører at Skyss har inntektsrisikoen og ansvaret for ruteinformasjon, marknadsføring og billettsystem.
Snøggbåt- og lokalbåtruter (bruttokontrakt):
- Sunnhordland-Austevoll-Bergen (Sunnhordlandsruta): Norled AS (01.01.2014 - 31.12.2023)
- Austevoll: Norled AS (01.01.2014 - 31.12.2023)
- Knarvik-Frekhaug-Bergen (Nordhordlandsruta): Norled AS (01.01.2019 - 31.12.2021+1)
- Kleppestø-Strandkaien (Askøyruta): Norled AS (01.01.2018 – 31.12.2021+1)
Snøggbåtruter (nettokontrakt):
- Kvinnherad-Bergen: L. Rødne & Sønner AS (01.01.2014 - 31.12.2023)
- Reksteren-Våge-Os: L. Rødne & Sønner AS (01.01.2014 - 31.12.2023)
- Espevær-Eidesvik: GulenSkyss AS (01.01.2014 - 31.12.2023)
- Hellesøy-Hernar: GulenSkyss AS (01.01.2014 - 31.12.2023)
- Turistrute Hardanger: Norled AS (01.01.2014 - 31.12.2019)
I tillegg administrerer Skyss løyva for nokre lokale båtruter:
- Geitanger
- Osterfjorden