Skyss har ansvar for i alt 8 snøggbåtruter og nokre lokalbåtruter. Alle er anbodsutsett. Nettokontrakt tyder at operatøren sjølv har inntektsansvaret og ansvar for ruteinformasjon, marknadsføring og billettsystem. Bruttokontrakt tyder at Skyss har inntektsrisikoen og ansvaret for ruteplanlegging, marknadsføring og billettsystem.
Snøggbåtruter (nettokontrakt):
- ”Sunnhordlandsruta”: Sunnhordland-Austevoll-Bergen (”Teisten” og ”Tranen”). Tide Sjø AS (01.01.2007 – 31.12.2013)
- ”Austevollsruta”: Austevoll-Bergen (”Tedno”). Tide Sjø AS (01.01.2007 – 31.12.2013)
- ”Kvinnheradsruta”:Rosendal-Bergen (”Rygerfonn”). L. Rødne & Sønner AS (01.01.2007 – 31.12.2013)
- ”Turistrute Hardanger”: Norheimsund-Herand-Utne-Kinsarvik-Lofthus-Ulvik-Eidfjord (”Vøringen”). Tide Sjø AS (01.01.2007 – 31.12.2013)
- Skulerute Reksteren-Våge-Osøyro (”Godøysundekspressen”). Strønens Båtservice (02.01.2008 – 31.12.2012)
Lokale båtruter (nettokontrakt):
- ”Espeværsruta”: Espevær-Eidesvik. Tide Sjø AS (01.01.2007 – 31.12.2013)
- ”Hernarruta”: Hellesøy-Lyngøy-Hernar-Sanden-Nordøysund (”Fjord Ekspress”). Bergen-Nordhordland Rutelag AS (01.01.2007 – 31.12.2013)
Snøggbåtruter (bruttokontrakt):
- ”Snarveien”: Kleppestø-Nøstet: Bergen-Nordhordland Rutelag AS (01.01.2005 – 31.12.2014)
I tillegg administrerer Skyss løyva for nokre lokale båtruter:
- Geitanger
- Osterfjorden
- Åkrafjorden
- Fyksesundet
Skyss har ikkje ansvar for Flaggruten (Bergen-Haugesund-Stavanger), som er eit kommersielt tilbod.
Hordaland fylkesutval vedtok 26. januar 2012 at når snøggbåtkontraktane skal utlysast på nytt, skal dei i hovudsak vidareførast med dagens opplegg. Kontraktsperioden skal vere ti år. Utlysing av andre generasjons båtkontraktar skal òg omfatta snøggbåt mellom Nordhordland og Bergen. Dette skal vere bruttokontrakt.